Ты можешь через CE
ставить брейкпоинт. Читать регистр. Писать в него. Отпускать отладку. Память не будет меняться/палится. Но можно,скорее в его,запалить точеи останова.
Перезаписывать память кода и данных через драйвер ce разово или по таймеру. В этом случае память может палиться. Тогда пробовать через CE сделать хуки на чтение памяти и возвращать оригинальные байты.
погуглить про скрытие процессов, секций памяти, модулей, хуки на функции (чтение памяти, получение списка процессов...). Хук позволит функцию перенаправить на свою, изменить результат и вернуть его.
посмотреть про обработку исключений в исхолниках на примере stealthmode плагина в ce
